Metagenomikai webszerver indult

A TTK Matematikai Intézet PIT Csoportjának tagjai beindították a mindenki számára ingyenesen elérhető AmphoraNet webszervert, amely teljesen automatikusan, rövid DNS rész-szekvenciákból képes a mintákban levő baktérium- és archaea fajok azonosítására.

A metagenomika tudományterülete az utóbbi néhány évben indult rohamos fejlődésnek, a DNS szekvenálási módszerek költségének csökkenésével. Kiderült, hogy a különböző környezeti- illetve klinikai mintákban legalább tízszer (de lehet, hogy több százszor) annyi baktérium- illetve vírusfaj van jelen, mint amit idáig hittünk. Sokáig csak a tenyészthető baktériumok meghatározása volt sikeres, ma már a baktériumok DNS-ének kis szakaszaiból is jó eséllyel megmondhatjuk, hogy a minta milyen baktériumok tartalmaz. Így kiderült, hogy a tengervíz sok ismeretlen vírust tartalmaz, az anyatejből rengeteg bakteriális DNS izolálható, vagy hogy a cukorbetegek, az elhízottak vagy bizonyos rákos megbetegedésekben szenvedők bélflórája nagyon különbözik az egészséges személyekétől.

Az ELTE TTK Matematikai Intézete PIT Csoportjának tagjai, Kerepesi Csaba és Bánky Dániel Grolmusz Vince professzor vezetésével beindították a – Wu és Scott Amphora2 programcsomagjára alapuló – AmphoraNet webszervert, amely teljesen automatikusan, rövid DNS rész-szekvenciákból képes a mintákban levő baktérium- és archaea fajok azonosítására. A DNS szekvenciákat az általánosan használt FASTA formátumban kell feltölteni, és egy-két óra múlva a fajok azonosítása több tucat marker-gén segítségével meg is történik. A szolgáltatás mindenki számára ingyenesen és regisztráció nélkül elérhető ezen a honlapon.